Он таким бы и остался, если бы в то время в высоких кабинетах Петербурга не родился замысел связать железной дорогой Сибирь с Алтаем. Тогда-то Жернаков и понял: для города это шанс. Почти три года он положил на то, чтобы убедить Комиссию по железным дорогам в том, что прокладывать дорогу на Семипалатинск (конечный пункт Алтайской ветки) нужно только от крошечного и никому неизвестного станционного городка Ново-Николаевска. Владимир Ипполитович много раз лично ездил кланяться в Петербург, отправлял туда свои расчеты и аргументацию, организовывал коллективное ходатайство. Наконец, под натиском новониколаевского головы, Комиссия сдалась. 3 июня 1912 года весьма спорный жернаковский вариант прошел Высочайшее утверждение, и это была, прежде всего, личная победа Владимира Ипполитовича.
О том, как первый новониколаевский голова шел к своей цели, можно судить хотя бы по тому эпизоду, когда требовалось обеспечить наиболее выгодный вариант прокладки новой железной дороги уже по территории самого Ново-Николаевска. В 1912 году, когда здесь начались соответствующие геодезические изыскания, городская Дума Ново-Николаевска приняла решение о переименовании одной из немногих улиц города по фамилии того инженера, который руководил этими работами. Так на карте города появилась улица Будаговская (ныне Большевистская). Кажется, это был единственный случай, когда имя командированного специалиста, увековечивается в названии улицы, еще до завершения его командировки.
Но Жернаков знал, что делал. Гениальность его замысла заключалась в том, что новый транспортный луч на Алтай автоматически менял статус всех остальных, исходивших от города транспортных каналов. Теперь все они становились транснациональными, так как могли принимать грузопотоки практически со всех концов гигантской Российской Империи. Город превращался в пятилучевой мультимодальный транспортный узел, и отныне его судьба не вызывала сомнений. Уже в 1915 году, когда строительство железнодорожной ветки Ново-Николаевск-Семипалатинск еще толь ко подходило к концу, в будущей столице Сибири при 70 тыс. населения работало 7 банков – по одному на каждые десять тысяч жителей, включая младенцев. Столь высокий уровень экономической активности новониколаевцев свидетельствует только об одном: если бы Октябрьская Революция не отменила конкурентную экономику, к которой Жернаков готовил свой город, то сегодня бы столица Сибири могла бы быть раз в 10 крупнее. Но даже при советской власти наследство первого городского головы продолжало удерживать город на высочайшей траектории развития: для того, чтобы достигнуть миллионного жителя Новосибирску (бывшему Ново-Николаевску) потребовалось всего 59 лет (1903 – 1962). Мировая история не знала подобных взлетов, хотя в 1922 году все пришлось начинать заново, так как Новониколаевск был полностью разрушен гражданской войной.
Судьба самого Владимира Ипполитовича Жернакова, в отличие от судьбы созданного им города, печальна, хотя ничто не предвещало столь крутого поворота течения его жизни. Ведь в 1912 году новониколаевский голова был награжден орденом Святой Анны III степени, а в феврале 1913 года - медалью в память 300-летия Дома Романовых и нагрудным знаком для лиц, приносящих личные верноподданнейшие поздравления по случаю 300-летия царствования Дома Романовых. Когда Гласные Городской думы удовлетворили просьбу В.И.Жернакова об отставке по состоянию здоровья, то в этом же 1914 году ему было присвоено звание Почетного гражданина Новониколаевска, его портрет помещен в зале Городской думы. Но при большевиках Владимир Ипполитович был осужден как «бывший» и никто не знает, где и как закончились его дни. Город забыл, благодаря кому он избежал уготованной ему участи обычного станционного городка на большой реке, каких много вдоль Транссиба. Единственным памятником Жернакову до сих пор остается только гордость новосибирцев за свой город – крупнейший мегаполис Сибири.